La Alianza Evangélica Latina tuvo su origen en el Foro Iberoamericano de Diálogo Evangélico (FIDE) (WEA) promovido por la Alianza Evangélica Mundial, (WEA) el cual a partir del año 2001 trabajó para integrar y fortalecer la relación fraternal entre las diferentes Alianzas y Confraternidades Evangélicas nacionales de diferentes países iberoamericanos.

Se realizaron reuniones en Venezuela, Costa Rica, República Dominicana, Bolivia, México, Tailandia, Guatemala, Ciudad del Cabo y Panamá; la última reunión del FIDE fue los días 1 y 2 de noviembre de 2013 en Tegucigalpa, Honduras, allí se acordó ampliar competencias y fines, y transformar la entidad constituyendo formalmente la Alianza Evangélica Latina (AEL), acuerdo que consta en Acta de Fundación del 2 de noviembre de 2013 suscrita por delegados de Alianzas Evangélicas de 21 países.
El Acta de Fundación también fue suscrita por Gordon Showell-Rogers, en su condición de Secretario General Asociado de la Alianza Evangélica Mundial (WEA).

En la reunión antes citada se eligió la primera Junta Directiva compuesta por: Presidente, Alberto Solórzano (Confraternidad Evangelica de Honduras, CEH); Vicepresidente, Walter Contreras (National Latino Evangelical Coalition (NALEC) y ESPERANZA – Latinos en Estados Unidos); Secretario, Agustín Aguilera (Asociación Nacional de Evangélicos de Bolivia, ANDEB); Vocales: Jorge Taberna (Consejo de Representatividad Evangélica del Uruguay, CREU), Cirilo Cruz (Confraternidad Evangélica de México, CONEMEX), Airton Härter Palm (Aliança Cristã Evangélica Brasileira, ACEB) y Mariano Blázquez (Federación de Entidades Religiosas Evangélicas de España, FEREDE).